Conselho Diretor do Fethab é composto por representantes do Poder Executivo Estadual e por representantes de Entidades de Classe representativas do agronegócio que contribuem para as commodities que compõem a base de receita do FETHAB. O Secretário de Estado de Infraestrutura e Logística é quem preside o Conselho (art. 36-B).